Priobalna boćata močvara – rijeka, trščak, laguna i sprudovi su glavni elementi. Laguna (donekle i obližnje more) ima specifičan režim saliniteta i temperature, što uvjetuje sastav ihtiofaune. Sprudovi štite i odvajaju lagunu od mora, zbog čega su iznimno važni, a ujedno mogu biti gnjezdilišta nekih važnijih ptičjih vrsta, ako bi se ispunili određeni uvjeti.

Ptice ima ukupno oko 200 vrsta, od čega 70-ak močvarnih, oko 45 gnjezdarica. Pantan je važniji za migracije i donekle zimovanje, nego za gniježđenje.

Ribe su zastupljene s 43 vrste, bez pravih slatkovodnih. Mogu se podijeliti u dvije skupine – “obične” vrste, kojima pantanska laguna i obližnje more služe kao hranilište mlađi, te vrste specijalizirane za velika kolebanja temperature i saliniteta (npr. obrvan Aphanius fasciatus), odnosno upravo takva staništa kao što je pantanska laguna.

Vegetacija se sastoji od 269 vrsta, od čega 7 ugroženih u različitim kategorijama. Među njima ima i halofilnih vrsta.

Mlinica je spomenik kulture, a kroz povijest je na indirektan način odigrala i ulogu u formiranju današnje močvare, preko struktura koje su izgrađene u svrhu održavanje plovnog puta do same mlinice i uređenja izvorišta. Budući da taj plovni put, kao i mlinica, više nije u funkciji, strukture u moru se raspadaju, čime se mijenja sustav morskih struja, a to djeluje razorno na sprudove, koji erodiraju i sve manje štite lagunu od mora.

Obradive površine se nalaze na sjevernom i istočnom rubu zaštićenog područja. Predstavljaju potencijalnu opasnost od onečišćenja vode ako se intenzivno koriste. One na sjevernom dijelu rezervata graniče s važnim područjem trščaka.

Dio nekadašnjeg močvarnog područja je i nasut. Zapušteni ribnjaci su dio nekada degradirane, nasute močvare. Premda su djelomično betonski, dakle ne sasvim prirodni, oni su pozitivan element jer ipak u naravi predstavljanju močvarnu površinu.